Generalnie główny system plików powinien być mały - zawiera krytyczne dane, a mały, rzadko zmieniany system ma większe szanse przetrwania. Zniszczenie tego systemu plików najczęściej oznacza, że systemu nie można uruchomić - trzeba posłużyć się dyskietką lub innym dodatkowym medium.
Główny katalog nie powinien zawierać żadnych plików, oprócz jądra (chociaż powinno się je umieszczać w /boot). Wszelkie inne pliki powinny znajdować się w odpowiednich katalogach:
Polecenia potrzebne do uruchomienia systemu, pracy w trybie jednego użytkownika.
Podobnie jak /bin, przy czym polecenia te nie są przeznaczone dla zwykłych użytkowników.
Pliki konfiguracyjne specyficzne dla danego komputera.
Katalog domowy użytkownika root.
Biblioteki dzielone wymagane przez programy znajdujące się na głównym systemie plików.
Ładowalne modułu jądra, te wymagane do startu systemu i pracy po padzie systemu (sterowniki sieciowe, itd. ) .
Pliki urządzeń.
Pliki tymczasowe. Programy działające po starcie systemu powinny używać katalog /var/tmp, nie /tmp, ponieważ zapewne jest na nim więcej miejsca.
Pliki używane przez program bootujący (np. LILO) Często zawiera obraz jądra. Powinien znajdować się poniżej 1024 cylindra dysku IDE.
Punkt tymczasowego montowania systemu plików. Nie powinno się montować żadnego systemu plików automatycznie w tym katalogu. /mnt może zawierać podkatalogi (np.: /mnt/dosa może oznaczać dyskietkę DOS-a, /mnt/exta dyskietkę z systemem plików ext2).
Punkty montowań innych systemów plików.